In der leistungsorientierten Mittelvergabe (LOM) sieht der Wissenschaftsrat ein zentrales Instrument der Forschungs- und Lehrförderung, das sowohl innerhalb der Fakultäten als auch auch der Ebene eines Bundeslandes zum Einsatz kommen sollte. Ziel ist, Leistungsträger zu belohnen und Anreize zu setzen, Leistungen in Forschung und Lehre zu steigern. Zur Weiterentwicklung dieser Instrumente hat der Wissenschaftsrat in der Standortübergreifenden Stellungnahme zur Weiterentwicklung der Uni­versitätsmedizin in Baden-Württemberg (2004) Leitlinien erarbeitet und diese auch in der standortübergreifenden Stellungnahme zur Weiter­entwicklung der Universitätsmedizin in Bayern (November 2006) zugrunde gelegt: Er empfiehlt, mindestens 40 % des Landeszuführungs­betrags fakultätsintern anhand von Leistungsparametern in Forschung und Lehre aufzuteilen. Dabei sind Forschung und Lehre als getrennte Leistungs­bereiche aufzufassen, die auch getrennte Budgets und Zuwei­sungs­modalitäten erfordern. Wenn keine nachweisbaren Forschungs­leistungen erbracht werden, müssen die Forschungsbudgets einzelner Abteilungen, Institute oder Kliniken auf ein Minimum reduziert werden. Die Ermittlung der Leistungsparameter und die daraus abgeleitete Mittelzuweisung müssen so ausgestaltet werden, dass die bestehenden Leistungsunterschiede deutlich erkennbar bleiben. Als ein Leistungs­parameter sollten künftig die tatsächlich verausgabten Drittmittel herangezogen werden, wobei Drittmittel aus streng begutachteten Verfahren höher zu gewichten sind als solche, die ohne eingehende Begutachtung zugewiesen wurden.

Ein weiterer Bestandteil einer fakultätsinternen LOM sollte eine leistungs­orientierte und befristete Zuweisung von Forschungsflächen sein. Parallel zu der auf Parametern basierenden Mittelzuweisung, die als Ex-post-Förderung zu charakterisieren ist, sollten die Fakultäten auch über Ex-ante-Instrumente der Projekt- und Nachwuchsförderung verfügen, deren Mittel nach externer und/oder interner Begutachtung zugewiesen werden. Die hierfür eingesetzten Mittel sollten immer deutlich unter den Aufwendungen für Ex-post-Instrumente liegen.

Diese und weitere wichtige Einzelempfehlungen aus den letzten Jahren liegen nun in einer komprimierten Gesamtschau vor. Der Wissenschaftsrat hat seine "Allgemeinen Empfehlungen zur Universitätsmedizin" im Juli 2007 verabschiedet.