Zur Durchführung des Begutachtungsverfahrens hat der Wissenschaftsrat einen eigenen Ausschuss Forschungsbauten eingesetzt.
Er besteht aus 16 Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern (mit je einer Stimme), vertreten sind zudem der Bund (mit acht Stimmen) sowie acht Bundesländer (mit jeweils einer Stimme). Seine Beschlüsse werden mit einfacher Mehrheit gefasst. Der Wissenschaftsrat entscheidet über die ihm zugeleiteten Förderempfehlungen nach seinen üblichen Regeln der Beschlussfassung (Zwei Drittel-Mehrheit).
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