Mit der Föderalismusreform wurde die Gemeinschaftsaufgabe Hochschulbau einschließlich Hochschulmedizin zum 31. Dezember 2006 abgeschafft und der allgemeine Hochschulbau in die alleinige Zuständigkeit der Länder überführt. Bund und Länder haben gleichzeitig mit der Förderung überregional bedeutsamer Forschungsbauten einschließlich Großgeräten ein gemeinschaftlich finanziertes Instrument für Investitionen in den Hochschulsektor geschaffen.
Seit 2007 führt der Wissenschaftsrat im Auftrag von Bund und Ländern das Programm Forschungsbauten durch. Es sieht die Förderung von Investitionsvorhaben vor, die sich durch „exzellente wissenschaftliche Qualität und nationale Bedeutung auszeichnen“. Damit sollen die Voraussetzungen der deutschen Hochschulen für eine erfolgreiche Teilnahme am nationalen und internationalen Wettbewerb in der Forschung verbessert werden. Diese Zielsetzung unterscheidet das Programm von der mit der Föderalismusreform I abgeschafften Gemeinschaftsaufgabe Hochschulbau, die eine breite Förderung von Bauvorhaben in den Ländern unter planerischen Gesichtspunkten vorsah.
Gefördert werden können aktuell Bauten an Hochschulen mit Investitionskosten von mehr als 5 Mio. Euro, deren Infrastruktur weit überwiegend der Forschung dient. Die Förderung schließt die Ausstattung der Forschungsbauten mit Großgeräten ein. Die Fördermittel werden je zur Hälfte von Bund und Ländern getragen. Für Forschungsbauten stehen im Jahr 401 Mio. Euro zur Verfügung. Neben Forschungsbauten beinhaltet das Bund-Länder-Programm gem. AV-FGH Forschungsgroßgeräte. Dieser Programmteil wird von der Deutschen Forschungsgemeinschaft administriert und umfasst 170 Mio. Euro pro Jahr von Bund und Ländern. Als drittes gehört die Förderung des Nationalen Hochleistungsrechnens dazu, zu deren Durchführung die GWK einen Strategieausschuss eingesetzt hat. Hierauf entfallen 62,5 Mio. Euro.