Mit dem Ziel, die Leistungsfähigkeit der Forschung in Deutschland zu stärken, nimmt der Wissenschaftsrat immer wieder auch zu einzelnen Fächern, Fächergruppen und Forschungsfeldern Stellung. Methodisch handelt es sich um quantitative und qualitative Bestandsaufnahmen.
Die Bestandsaufnahmen beschreiben zunächst die institutionellen Rahmenbedingungen, die Forschungs- und Förderstrukturen sowie die Leistungsfähigkeit der untersuchten Fächer oder Forschungsfelder und geben dann, basierend auf diesen Befunden, Empfehlungen zur Weiterentwicklung. Auf diese Weise hat der Wissenschaftsrat in der Vergangenheit zu so unterschiedlichen Feldern wie den Perspektiven der Informatik in Deutschland, der Polymer-, Meeres-, Umwelt- oder Energieforschung Stellung bezogen oder Empfehlungen zu den area studies bzw. der außeruniversitären Forschung zum östlichen Europa abgegeben.
Vielbeachtete Empfehlungen der vergangenen Jahre betrafen beispielweise die Friedens- und Konfliktforschung (2019), die im parlamentarischen Raum auf großes Interesse stieß. Die Empfehlungen zu den Theologien (2010) erreichten vor allem mit ihrem Vorschlag, Zentren für Islamische Studien an deutschen Hochschulen aufzubauen, große gesellschaftliche Resonanz und Wirkung.
Die Empfehlungen zu den Geisteswissenschaften (2006) führten unter anderem zu einer Weiterfinanzierung von fünf aus den ehemaligen Akademieinstituten der DDR entstandenen "Geisteswissenschaftlichen Zentren".
Ausgewählte Empfehlungen zum Feld "Wissenschaftsgebiete und Fächer"
Perspektiven der Informatik in Deutschland (Drs. 8675-20), Oktober 2020
Empfehlungen zur Weiterentwicklung der Friedens- und Konfliktforschung (Drs. 7827-19), Juli 2019
Perspektiven der Psychologie in Deutschland (Drs. 6825-18), Januar 2018
Perspektiven der Universitätsmedizin (Drs. 5663-16), Oktober 2016