Der Wissenschaftsrat würdigt das FLI als eine Forschungseinrichtung von internationaler Strahlkraft und bescheinigt dem Institut herausragende Leistungen. Seit der vorangegangenen Evaluation im Jahr 2014 hat das FLI sein ausgezeichnetes Forschungsniveau weiter verbessert. Positiv bewertet der Wissenschaftsrat vor allem die Erweiterung des Forschungskonzepts um den One-Health-Ansatz, der die Gesundheit von Mensch, Tier und Umwelt integriert betrachtet.