Das Friedrich-Loeffler-Institut ist eine herausragende Forschungseinrichtung von internationaler Strahlkraft, die mit ihren ausgezeichneten Forschungsleistungen auf den Gebieten der Veterinärmedizin und der Nutztierwissenschaft einen unverzichtbaren Beitrag zur Vermeidung und Bekämpfung von Tierseuchen sowie zum Schutz des Menschen vor Zoonosen leistet. Es hat einige der Empfehlungen aus der zurückliegenden Evaluation umgesetzt und  Schritte zur Umsetzung weiterer Empfehlungen eingeleitet. So haben z. B. auch die anwendungsorientiert forschenden Fachinstitute ihre Publikationsleistungen in angesehenen Fachzeitschriften erhöhen können. Auch die intensivierten und vielfach erfolgreichen Anstrengungen bei der Einwerbung von Drittmitteln sind positiv zu bewerten. Um eine Weiterentwicklung auf gleichbleibend hohem wissenschaftlichem Niveau zu ermöglichen, sollten zusätzliche Stellen bereitgestellt werden. Darüber hinaus wird empfohlen, die wissenschaftliche Unabhängigkeit und Publikationsfreiheit des Instituts gesetzlich zu verankern.