Der Wissenschaftsrat unterstützt Bund und Länder in einigen Fällen auch bei forschungs- und wissenschaftspolitischen Entscheidungsprozessen, indem er die Vorbereitung oder Durchführung bestimmter Programme übernimmt.
Seit seiner Gründung besteht eine der Kernaufgaben des Wissenschaftsrats darin, gutachtlich zu Hochschulbauvorhaben in den Ländern Stellung zu nehmen und Entscheidungsgrundlagen für gemeinsam von Bund und Ländern getragene Hochschulinvestitionen zu legen.
Nicht in allen Fällen ist der Wissenschaftsrat bei diesen Programmen gesamthaft mit seinen Kommissionen einbezogen.