Das Entscheidungsverfahren zu den Forschungsbauten sieht vor, dass die Länder jährlich dem Bund und dem Wissenschaftsrat Anträge auf Bewilligung eines Forschungsbaus zuleiten. Aufgabe des Wissenschaftsrats ist es, Empfehlungen dazu abzugeben, welche der von den Ländern gemeldeten Maßnahmen realisiert werden sollen und zudem eine Reihung aller Vorhaben vorzunehmen, die sich an deren wissenschaftlicher Qualität und überregionaler Bedeutung festmacht.
Auf dieser Grundlage entscheidet die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz (GWK) einmal jährlich über die Aufnahme von Vorhaben in die gemeinsame Förderung von Bund und Ländern.
In einem Leitfaden sind die Verfahrensgrundsätze und Kriterien für die Begutachtung von Forschungsbauten festgelegt.
Am 31. Januar 2025 hat der Wissenschaftsrat einen überarbeiten Leitfaden verabschiedet, der ab der Förderphase 2028 gültig ist.
Für die Förderphase 2027 gilt noch folgender Leitfaden:
Die Nachverfolgung dient dem Zweck, die erfolgreiche Umsetzung der in § 1 der AV‑FGH beschriebenen Ziele vorhabenspezifisch in zweifacher Hinsicht zu überprüfen: a) Wurden mit dem Forschungsbau die infrastrukturellen Voraussetzungen zur Umsetzung der Forschungsprogrammatik geschaffen und b) konnten die mit dem Forschungsbau verbundenen Forschungsschwerpunkte umgesetzt werden?
Die Nachverfolgung wird vom Wissenschaftsrat mittels Aufforderungen an die Länder und Übersendung editierbarer Fragebögen eingeleitet und erfolgt in zwei Schritten:
1. drei Jahre nach der Einweihung des Forschungsbaus.
2. im siebten Jahr nach der Einweihung des Forschungsbaus; diese Nachverfolgung kann Vor-Ort-Begehungen einschließen.
Der Wissenschaftsrat unterrichtet die GWK und das zuständige Bundesressort über erhebliche Abweichungen von den für die Aufnahme in die Förderung maßgeblichen Angaben.