Die ExStra wird als ein lernendes Verfahren kontinuierlich begleitet. So legt das Committee of Experts der Gemeinsamen Wissenschaftskonferenz (GWK) regelmäßig (erstmals im Juni 2027) einen Bericht über die Erfahrungen mit den beiden Förderlinien Exzellenzcluster und Exzellenzuniversitäten vor. Auf dieser Grundlage beraten Bund und Länder über die Auswirkungen des Programms und mögliche Anpassungsbedarfe.
Die Programmbegleitung reflektiert die Umsetzung beider Förderlinien mit Blick auf Stärken, Herausforderungen und Potenziale in den Leistungsfeldern Forschung, Lehre, Forschungsinfrastrukturen und Transfer. Außerdem nimmt sie Themen wie Personalentwicklung, Chancengleichheit und Diversität oder Governance und Internationalisierung in den Blick. Elemente der Programmbegleitung sind unter anderem Befragungen von und ein regelmäßiger Austausch mit den geförderten Standorten, um den Erfahrungsbericht auf Grundlage gesicherter Informationen vorzubereiten. Der Erfahrungsbericht umfasst Beobachtungen aus der Umsetzung des Programms und seiner Förderlinien, der Fortschritte und Ergebnisse sowie ggf. Hinweise und Empfehlungen.
Diverse Veranstaltungsformate regen zudem den Austausch sowie die Vernetzung der Universitäten an. Diese können auch den (Erfahrungs-)Transfer ins Hochschulsystem und damit über den Kreis der Geförderten hinaus umfassen. Beispielhaft dafür sind die Internationalen Fachgespräche des Wissenschaftsrats vom Dezember 2022, bei denen internationale Expertinnen und Experten über institutionelle Kooperationen und Exzellenzförderung diskutierten.
Im Rahmen der Programmbegleitung finden regelmäßig Gespräche der Geschäftsstelle des Wissenschaftsrats mit den Administratorinnen und Administratoren an den Exzellenzstandorten statt. Ziel ist es, Informationen zur Umsetzung der Maßnahmen und zur Entwicklung aller Leistungsdimensionen und einzelnen Handlungsfelder zu sammeln.
Zudem ist der Wissenschaftsrat auf Arbeitsebene Gast an den vom BMBF geführten, jährlich stattfindenden Statusgesprächen, in denen die geförderten Universitäten über die Umsetzung und Verwendung der Mittel berichten.
Zur Programmbegleitung zählen darüber hinaus die regelmäßige Berichterstattung an die Mitglieder des Wissenschaftsrats sowie an die GWK. Zudem sind Öffentlichkeitsarbeit und Informationen über Programm und Verfahren an Interessierte aus dem In- und Ausland Bestandteil der Programmbegleitung.